中心博士研究生的培养目标是：具有坚定正确的政治方向、健康的体魄和完善的人格；掌握本学科坚实的基础理论和系统的专业知识；掌握所从事研究方向的科学技术的现状和动向；具有勇于创新的科学精神和独立从事科学研究的能力；具有从事科学研究、教学工作的能力；具有准确生动的语言表达能力、开阔的国际视野、跨学科解决关键科学问题的能力、良好的外语沟通和写作能力及准确把握科学技术前沿的能力；具有进行有效沟通、团队合作、领导统御的能力。

博士生的培养以科学研究为主，重点进行独立从事科学研究、团队合作和创新能力的培养。同时，博士生应根据培养方案要求，学位论文工作需要及个人的特点适当安排学习若干课程，以拓宽专业基础、掌握开拓性、创造性科学研究工作方法。鼓励博士研究生跨学科选修专业课程。

协同创新中心自成立以来，已培养千余名博士研究生。其中多名博士获全国优秀博士论文提名奖等，多人成长为各高校创新型人才。