中心下设的执行机构设主任1名，副主任若干名，执行工作委员会下设人事管理部、财务管理部、科研管理部、人才培养部和国际合作与交流部五个部门，人员由中心牵头单位和协同单位共同组成。

人事管理部：专门负责中心的人力资源管理，包括人员与科研团队聘任、考核与评估等。

财务管理办公室：负责整个中心的经费管理，对项目的经费情况严格把关，确保项目的顺利开展。

科研管理部：专门负责中心申报国家以及省部级等重大科技计划项目，负责项目的申报及运行管理工作。

人才培养部：专门负责中心人才培养和团队建设，包括协同体内本科生、研究生、博士后以及年轻教师的培养与交流工作。

     国际合作与交流部：专门负责中心高端外籍人才的引进、师生公派出国和出国、出境方面的服务与管理工作。